Tri Campeonato:

Bajo la dirección técnica del argentino Osvaldo Piazza, Universitario de Deportes logró el título del Torneo Apertura 1998 que le dió el derecho a disputar la final nacional (playoffs), derrotando 2-1 al Sporting Cristal en la segunda final con dos goles de Roberto Farfán, y Andrés Mendoza para Sporting Cristal.
 
Pero dado que en el primer encuentro habían quedado 2-1 a favor de Sporting Cristal, se tuvo que alargar el partido a definición por penales, en la cual, Universitario fue superior y derrotó a los celestes 4-2. 

Los goles fueron anotados por Gustavo Grondona, Gustavo Falaschi, Luis Guadalupe y Eduardo Esidio.

En 1999, Universitario de Deportes consigue el bicampeonato. Se jugaron dos partidos entre la U que había ganado el Torneo Apertura y Alianza Lima campeón del Torneo Clausura.
 
La primera final se jugó en el Estadio Nacional y los cremas ganaron 3-0, con goles de Roberto Farfán, Eduardo Esidio y José Guillermo "Chemo" Del Solar. 

En el partido de vuelta, jugado en el Matute, los blanquiazules ganaron con gol de Mafla, pero no les alcanzó para obtener el título. Así la "U" dio la vuelta olímpica en el estadio de su acérrimo rival, en la primera vez que jugaba en su estadio por un título nacional. 

Es el quinto bicampeonato de la "U".En el 2000, los cremas se coronaron por tercera vez consecutiva campeones del fútbol peruano y totalizaron 100 puntos entre el Torneo Apertura y el Torneo Clausura. 

La "U" salió campeón ante Juan Aurich de Chiclayo, goleándolo 5-0. Fue el primer y hasta el momento único campeonato que ganó jugando como local en el Estadio Monumental de Lima.
 
Los goles fueron anotados por Piero Alva (2), Esidio (2) y Gustavo Grondona. Además el brasileño Eduardo Esidio se consagró como máximo goleador en una temporada de la Liga Peruana de Fútbol con 37 goles.