Era Profesional:

En 1951 los campeonatos se empezaron a jugar de forma profesional, durante este tiempo de transición Universitario tuvo que esperar diez años para volver a ser campeón, así en 1959 gana el campeonato tras empatar a tres goles con Deportivo Municipal en el partido final. 

En la década de los 60, Universitario consigue cinco campeonatos más. El primero de ellos en 1960, tras empatar sin goles con Sport Boys del Callao. 

Consiguieron el campeonato tras 11 triunfos, 3 empates y 4 derrotas en 18 partidos, logrando así su segundo bicampeonato. El 19 de marzo de 1961, Universitario debuta en la Copa Libertadores contra Peñarol de Uruguay, el cual gana el partido con un marcador de 5-0.

Luego de ocupar el tercer lugar en los campeonatos de 1962 y 1963, la U campeona en 1964, holgadamente (nueve puntos sobre el segundo lugar). 

En 1965, la FPF permite la participación de equipos de todo el país en el campeonato y al año siguiente nacería el denominado Torneo Descentralizado de Fútbol, un año despúes debuta en el club Héctor Chumpitaz y Universitario campeona, ganando en la final 2-1 al Centro Iqueño.
 
En 1967 Universitario consigue su tercer bicampeonato.El 27 de febrero de 1968, la U vence al Always Ready de Bolivia por 6-0, siendo la mayor goleada conseguida por el club en una copa internacional. 

En el campeonato de 1969, el equipo crema consiguió el campeonato nacional, tras empatar 1-1 con el Atlético Grau de Piura, con el que completó 25 unidades.

El 19 de septiembre de 1970, la U vence al Atlético Torino por 9-0, siendo la mayor goleada conseguida por el club en el campeonato nacional. 

En 1971 la "U" gana el campeonato con varias fechas de anticipación, con 46 puntos (a 6 puntos de ventaja sobre el segundo).