Tiempos Actuales:

Bajo la dirección técnica de Jorge Amado Nunes, Universitario terminó quinto en la tabla general del 2006, reuniendo las condiciones necesarias para jugar la Copa Sudamericana 2007. 

A las pocas fechas de iniciado el Torneo Apertura, Nunes fue cesado por la anterior dirigencia del club por los malos resultados y por la oposición que generaba su presencia entre los principales referentes del plantel, asumiendo el cargo de entrenador el colombiano Edgar Ospina. 

Sin embargo, después de las elecciones, la nueva directiva dirigida por Gino Pinasco decidió a su vez cesar al colombiano y reinstalar a Nunes en la dirección del equipo, decisión que también supuso la resolución de los contratos de jugadores como Piero Alva, Luis Guadalupe, Gregorio Bernales entre otros.

El 18 de julio, a tres días del inicio del Torneo Clausura 2007, Jorge Amado Nunes fue destituido nuevamente de la conducción de Universitario por problemas con algunos dirigentes del club. 

Julio Gómez asumió la dirección técnica, pero los malos resultados y la eliminación de la Copa Sudamericana en la primera ronda llevó al club a reemplazarlo con el argentino Ricardo Gareca terminado el campeonato en el cuarto lugar y clasificando a la Copa Sudamericana 2008.

El año 2008, comenzó para Universitario siendo reconocido como el mejor equipo del Perú en la temporada 2007 y con los fichajes de utbolistas como: Gianfranco Labarthe, Rainer Torres, Oscar Ibañez, Roberto Jiménez, Julio Landauri, Jorge Araujo y Gregorio Bernales. 

El 23 de enero, Universitario de Deportes recibió una invitación para la reunión del «Grupo de Trabajo de la FIFA para los Clubes», realizada en la sede «Home of FIFA» donde se discutieron diversos temas entre ellos asuntos relativos a la cesión de jugadores a las selecciones y una mayor participación de los clubes en la toma de decisiones de la FIFA.
 
El 9 de febrero, se realizó la presentación oficial de la plantilla de la «U», en la tradicional «Noche Crema», con un encuentro amistoso entre Universitario de Deportes y Defensor Sporting de Uruguay que finalizaría con marcador de 2-2. 

La «U» inció el Torneo Apertura con un empate por 1-1 ante la Universidad San Martín de Porres en el Estadio Monumental, luego el equipo se trasladó hacia el norte del país donde disputó dos encuentros, el primero de ellos ante José Gálvez FBC de Chimbote con victoria para la «U» de 1-0, y el segundo ante Juan Aurich de Chiclayo con empate por 1-1. El 5 de marzo, por la quinta fecha del Torneo Apertura, Universitario de Deportes sufrió su primera derrota en el campeonato a manos del Cienciano del Cusco por 4-1, unos días después la «U» se recuperaría logrando una victoria en el clásico ante Sporting Cristal con marcador de 1-0. 

El 30 de abril, se disputó el Superclásico Peruano en el Estadio Nacional, el encuentro finalizaría 2-1 a favor de los cremas, los goles fueron anotados por Donny Neyra y Roberto Jiménez. 

Las fechas del campeonato fueron pasando y la «U» se fue afianzando en los primeros lugares del campeonato, el día miércoles 2 de julio, a falta de cuatro jornadas para la culminación del torneo, Universitario se coronó campeón del Torneo Apertura, en un encuentro ante Cienciano del Cusco que había sido postergado por la realización de la V Cumbre de Presidentes y Jefes de Estado de América Latina, El Caribe y la Unión Europea en la ciudad de Lima, transcurridos 28 minutos del primer tiempo el colombiano Héctor Hurtado con un tiro cruzado marcó el primer gol para la «U», en el minuto 44 Araujo con un remate de cabeza decretaría el 2-0 parcial. El segundo tiempo se iniciaría con Cienciano dominando el encuentro y al minuto 62 gracias a un gol de Vasallo descontarían en el marcador, al minuto 71, a sólo unos minutos de su ingreso Mayer Candelo anotaría el 3-1 final con un tiro penal.De esta forma Universitario de Deportes dio la vuelta olímpica en el Estadio Monumental después de seis años, ante 60 mil espectadores.

Tras la renuncia de Ricardo Gareca a la dirección técnica del club, los dirigentes de Universitario optaron por contratar a Juan Reynoso, ex futbolista de Universitario durante los años 90 y con una larga trayectoria en el fútbol mexicano. Se mantuvo casi la misma base del plantel de la temporada pasada aunque con la salida de algunos futbolistas importantes como Héctor Hurtado, Mayer Candelo y Donny Neyra. Así mismo arribaron al club ex futbolistas de Universitario como Carlos Orejuela, John Galliquio, Piero Alva y Francisco Bazán, también se integrarían a la «U» Rodolfo Espinoza, Ronaille Calheira y Nolberto Solano considerado por los medios de comunicación tanto nacionales como internacionales como el fichaje estrella del fútbol peruano.